الاستقلال:
بدأت مرحلة من عدم الاستقرار في السياسة في الحياة السياسية القمرية بعد وفاة رئيس الحكومة سعيد محمد الشيخ في أذار 1970. وكانت مسائل الاستقلال والعلاقات مع باريس والنظام الأساسي الداخلي هي المواضيع الرئيسية للنزاع الداخلي. ففي حزيران 1972 اضطر الأمير سعيد إبراهيم المعروف بتعلقه بالسياسة الفرنسية إلى الاستقالة. وكان قد جاء مباشرة خلفاً لسعيد محمد الشيخ.
وفي 3 كانون الأول 1972 جرت إنتخابات تشريعية فازت بها الأحزاب العاملة للاستقلال إلا أن جزيرة مايوته أعلنت وحدها رغبتها الإبقاء على النظام الذي يربطها بفرنسا. وتمكن الرئيس المنتخب أحمد عبد الله من إنقاذ وحدة الجزر إلى حدٍ بعيد. ووقع في باريس اتفاقاً ينص على الحصول على الاستقلال في مدة أقصاها خمس سنوات. وفي 22 كانون الأول 1974 جرى استفتاء للسكان أعلنوا من خلاله (بمن فيهم سكان مايوته) تأييدهم للاستقلال. وحاولت فرنسا أن تعطل نتائج الاستفتاء بإثارة رغبة جزيرة مايوته البقاء تحت راية الاتحاد الفرنسي. فلجأ أحمد عبد الله إلى إعلان استقلال جزر القمر من جانب واحد في 7 تموز 1975. واكتفت فرنسا بالإبقاء على سيطرتها العسكرية والإدارية على جزيرة مايوته.
أحمد عبد الله وعلي صويلح:
لم يكد أحمد عبد الله يمسك بزمام السلطة حتى أطاحه انقلاب 3 آب 1975 الذي جاء بزعيم «الجبهة الموحدة» علي صويلح على رأس السلطة بمساعدة من الأمير سعيد محمد جعفر والمرتزق بوب دونار. وسرعان ما انفجرت في وجه صويلح الأزمات الاقتصادية فضلاً عن مسألة إعادة جزيرة مايوته إلى الحظيرة الوطنية. فلجأت الحكومة إلى طلب المساعدة من المنظمات الدولية والجامعة العربية. (وكانت جزر القمر قد قدمت طلباً بالانضمام إليها) والدول الأوروبية. ولما لم تنفع نداءات الاستغاثة فرض علي صويلح برنامجاً اقتصادياً تقشفياً على الطريقة الصينية.
ومنذ ذلك الحين حالت فرنسا دون تطوير أوضاع الجزر ومنعت عنها جميع المساعدات. وفي كانون الثاني 1976 أنتخب علي صويلح رئيساً للدولة، ومنحه الدستور صلاحيات إضافية؛ لكنه تعرض لمحاولتي انقلاب. فأحبط الأولى عام 1976 لكن الثانية والتي قام بها المرتزق بوب دونار نجحت وقتل علي صويلح، وأعيد أحمد عبد الله الذي بقي رئيساً للبلاد، ثم كان المرشح الوحيد للرئاسة عام 1984.
وفي محاولة من أحمد عبد الله لإرضاء معارضيه الذين كثروا أعلن في شباط 1987 عن إجراء إنتخابات لمجلس فدرالي تجري في 23 أذار 1987. إلا أن مرشحو المعارضة طعنوا في هذه الانتخابات التي جاء لمصلحة أحمد عبد الله فردت الحكومة بحملة اعتقالات واسعة في صفوف المعارضة.
عهد سيد محمد جوهر:
في أعقاب تجديد أحمد عبد الله رئاسته لست سنوات أخرى في تشرين الثاني 1989 عمت البلاد تظاهرات واسعة اعتقل فيها زعماء المعارضة، إلا أن حكم عبد الله لم يكمل الشهر، إذ قام المرتزق بوب دونار بعملية انقلاب دموية أودت بحياة أحمد عبد الله في 26 ـ 27 تشرين الثاني. وبمقتله انتهت فترة من الاضطرابات في البلاد لكي تفتح صفحة جديدة على مشاكل وقضايا واضطرابات أخرى، فعقب الانقلاب مباشرة، عين رئيس المحكمة العليا سيد محمد جوهر رئيساً مؤقتاً إلى حين إجراء إنتخابات. فقام بوب دونار مجدداً بعملية انقلاب ثانية أودت بحياة 27 جندياً من قوات الأمن، إلا أن الانقلابيون لقوا إدانة شاملة من المجتمع الدولي إلى جانب اتهام دونار بقتل الرئيس أحمد عبد الله. وقد تدخلت فرنسا فأرسلت وحدات مظلية إلى العاصمة موروني للضغط على دونار الذي وافق على ترك البلاد سلمياً إلى جنوب أفريقيا.
عمد سيد محمد جوهر بعد ذلك إلى تشكيل حكومة وحدة وطنية وافقت عليها جميع الأحزاب، كما أفرج جوهر عن جميع السجناء السياسيين. وقرر إجراء إنتخابات في كانون الثاني 1990. غير أن صعوبات جمة واجهت حكومة جوهر وخاصة من قبل منافسه القوي في الانتخابات محمد تقي عبد الكريم رئيس الاتحاد الوطني للديمقراطية من أجل القمريين الذي قام في 18 و 19 آب 1990 بعملية تمرد مسلح فاشلة أدت إلى اعتقال عبد الكريم وكذلك إقالة وزير الداخية ابراهيم هاليدي لتورطه في المحاولة. ثم واجه جوهر من داخل حزبه إذ انشق عضوان في مجلس الوزراء عن هذا الحزب وأعلنا عن تشكيلهما حزباً جديداً.
وفي 3 آب 1991 عاد مسلسل الانقلابات في حلقة جديدة قادها وزير الداخلية السابق إبراهيم هاليدي الذي كان يشغل منصب رئيس المحكمة العليا وقد أعلن عزل الرئيس جوهر وعين نفسه رئيساً مؤقتاً. إلا أن حكومة جوهر أدانت هذه العملية وقامت باعتقال هاليدي مع عدد من مؤيديه وأودعتهم السجن. وبعد اتساع جبهة المعارضة عمد جوهر إلى إجراء إصلاحات جذرية وتغييرات مهمة، انتهت إلى وضع دستور جديد للبلاد أقره الشعب باستفتاء جرى في 7 حزيران 1992.
الانضمام إلى الجامعة العربية:
تابع الرئيس سيد محمد جوهر طلب بلاده الانضمام إلى جامعة الدول العربية، وأرسل في العامين 1991 و 1992 مبعوثين إلى القاهرة والرياض وصنعاء ومسقط لقبول الطلب بعد تجديده مرة أخرى، وانتهز جوهر فرصة حضوره القمة الأفريقية التاسعة والعشرين في القاهرة في حزيران 1993 فالتقى الرؤساء العرب المشاركين في القمة خصوصاً الرئيس مبارك وأمين عام جامعة الدول العربية عصمت عبد المجيد.
وفي دورة مجلس جامعة الدول العربية رقم 100 في 20 أيلول 1993، وافق كل أعضاء مجلس الجامعة على طلب الانضمام الذي قدم للمرة الأولى في الدورة 68 في العام 1977. وتحفظ العراق على القرار الذي يحمل الرقم 5280 الذي جاء بناء على الدراسة التي أعدتها الأمانة العامة حول استيفاء جزر القمر شروط الانضمام إلى الجامعة.
وقد هنأ الرئيس جوهر شعبه العربي واعتبر يوم 20 أيلول 1993 هو الاستقلال الحقيقي وقد ناشد جوهر الدول العربية مساعدة بلاده ومساندته دبلوماسياً لإنهاء الاحتلال الفرنسي لجزيرة مايوته. كما ناشد الدول العربية والإسلامية مساعدة بلاده اقتصادياً وذلك عقب زيارته إلى المملكة العربية السعودية، إلا أن أياً من ذلك لم يحدث أبداً فأعلن وزير الخارجية القمري أن بلاده لم تستفد أبداً من انضمامها إلى جامعة الدول العربية بل إنها تفكر في إغلاق سفارتها في القاهرة.
جميع هذه الأسباب التي أدت إلى خيبة أمل القمريين اتجاه الدول العربية، أوصلت أيضاً جزر القمر إلى توقيع اتفاق يقضي بإقامة علاقات دبلوماسية مع الكيان الصهيوني وذلك في 10 تشرين الثاني 1994. عقب محادثات أجراها الرئيس سيد محمد جوهر مع السفير الإسرائيلي في فرنسا يهودا لانكري. وبذلك أصبحت جزر القمر ثالث دولة عربية تقيم علاقات دبلوماسية مع إسرائيل. إلا أن الرئيس جوهر عاد وأعلن بعد ثلاثة أيام من توقيعة الإتفاق أن تطبيع العلاقات مع إسرائيل يتم بعد تسوية الخلافات مع الفلسطينيين وبعد إقامة اتفاقيات سلام مع سوريا ولبنان. وأن الاتفاق الموقع مع إسرائيل هو بيان مشترك فقط.
نهاية عهد الرئيس جوهر:
تعرضت حكومة الرئيس جوهر لإنتقادات كبيرة بعد الاتفاق المبرم مع العدو الإسرائيلي اضطرته لتغيير حكومته السابقة التي كان يرأسها محمد خليفة، وتعيين رئيس جديد للحكومة هو كعب الياشورطي لتشكيل حكومة جديدة وذلك في أواخر أذار 1995.
وفي 28 أيلول 1995 قامت مجموعة مسلحة بقيادة المرتزق بوب دونار بمحاولة انقلابية واحتجزت الرئيس جوهر. إلا أن وصول قوات فرنسية إلى جزر القمر وسيطرتها على الوضع بالكامل أدى ألى استسلام الانقلابيين وحلفاؤهم المرتزقة. وقد جاء هذا التدخل نتيجة طلب رئيس الحكومة الياشورطي مساعدة القوات الفرنسية وكان الياشورطي قد لجأ فور وقوع الانقلاب إلى السفارة الفرنسية وأعلن في 3 تشرين الأول توليه الرئاسة حسب القانون لتعذر الرئيس عن القيام بمهامه وطلبه من فرنسا القيام بمهامها في تطبيق المعاهدة الدفاعية الموقعة عام 1978.
أما رئيس الجمهورية جوهر فقد أفرجت عنه قوات التدخل الفرنسي ونقلته إلى جزيرة رينيون.
عهد الرئيس عبد الكريم محمد تقي:
في أذار 1996 انتخب عبد الكريم محمد تقي رئيساً للبلاد. وقد واجهته مشكلة كبيرة وهي طلب جزيرة إنجوان الانفصال عن الاتحاد القمري وانضمامها إلى فرنسا في 3 آب 1997. فأرسل الرئيس محمد تقي فريقاً من الجيش القمري قوامه 300 جندي لإخماد الانتفاضة الانفصالية وإعادتها إلى رحاب الدولة.
وفي 30 نيسان 1999 تسلم الجيش مقاليد السلطة في البلاد بقيادة غازلي الصوماي رئيس الأركان العامة للقوات المسلحة القمرية. وهي المبادرة التي ضمنت وحدة الأراضي القمرية.